No âmbito dos programas plurianuais a Fundação colabora com todas as universidades portuguesas. Tal é fundamental para a excelência do Prémio Nacional para o Ensino de Arquitectura (Archiprix Portugal), para a intervenção no património ferroviário desactivado ou a organização anual do Congresso Europeu de Jovens Cientistas (YES Meeting) e é um compromisso estratégico da Fundação no envolvimento da Academia em todos as iniciativas no âmbito do Território, Património Cultural, Cidadania e Saúde Pública.

Do mesmo modo e fora do domínio nacional, a Fundação estabelece pontos de cooperação académica com universidades internacionais. Especial destaque para o Programa de Apoio à Edição que inclui a distribuição gratuita de livros e publicações pelas mais representativas universidades e centros de investigação do mundo.